舞台是被海和山包围的城市·冬木市。这个没有选择的城镇渐渐被黑暗侵蚀。能够实现持有者愿望的圣杯。

即将举行一场仪式来实现圣杯。七名被选为圣杯的魔术师（Master）将被圣杯选中的七名从者（Servant）赋予。骑士“Saber”、枪兵“Lancer”、弓兵“Archer”、骑士“Rider”、魔术师“Caster”、暗杀者“Assassin”、狂战士“Berserker”。与七种角色（职阶）之一签订契约的主人必须证明自己配得上圣杯。

换句话说，成为主人的人必须消灭其他主人，证明自己是最强的。所有寻求圣杯的行为被称为“圣杯战争”。这个仪式可以被称为“杀戮”，因为它名副其实。幼年时因火灾失去了父母，成为孤儿的英雄被一个自称是魔术师的人收养。

尽管他是通过反对养父来学习魔法的英雄，但完全没有才能，只学会了一种魔法技能。现在，养父也死了，英雄作为一个半吊子魔术师成长。于是，现在陷入了主人之间战斗的英雄意外地与七名从者之一的Saber签订了契约。不情愿地成为主人之一的英雄将投身于圣杯的战斗中。