故事背景设定在《神鬼寓言2》结束半个世纪后，在第三部中，奇幻王国阿尔比恩发生了翻天覆地的变化。科学的进步带来了全新的机器、工厂、火器、煤气灯、蒸汽朋克美学以及新的生活方式。而工业革命即将引发一场真正的革命。王国内有太多人对这些变化感到不满，正准备推翻现任国王——也就是主角的亲哥哥。与前作不同，你从一开始就是一名贵族。是采取行动还是以其他方式拯救家园，完全取决于你；而你的角色是被铭记为英明公正的领袖，还是邪恶的暴君，也取决于你的选择。

剧情是非线性的，因此玩家的行为和决策不仅会影响其他角色对主角的看法，还会影响整个世界的发展。与《神鬼寓言2》相比，与NPC的社交互动变得更加简单直观。通常只要对人友善，就能让他们产生好感，甚至爱上你。不过，若要订婚，你必须完成特定的任务。